Вшанувати пам’ять Миколи Ковальського зібралися його учні та послідовники, які на даний час вже є викладачами в Острозі та Дніпропетровську, його донька та колеги з Дніпропетровщини. За відсутності можливості бути присутнім на зібранні, надіслав телеграму зі США колега Миколи Ковальського професор Любомир Винар. Після кількох доповідей про життя та діяльність Миколи Павловича відбулося урочисте відкриття погруддя професора, яке провідний художник Острозької академії, заслужений художник України, скульптор Сергій Чумаков подарував кафедрі історії університету, а пізніше було відслужено молебень у студентсько-викладацькому храмі Академії.
Професор Микола Павлович Ковальський був академіком Міжнародної Слов’янської академії наук, головою Острозького осередку Українського історичного товариства, керівником Острозького відділення Інституту археографії і джерелознавства ім. М. С. Грушевського НАН України.
25 років життя Микола Павлович присвятив роботі в Дніпропетровському університеті. У 1985 році став доктором історичних наук, професором кафедри історіографії та джерелознавства.
В Острозькій академії був головним редактором енциклопедичного видання «Острозька академія», книг «Етюди з історії Острога», «Острозькі просвітники», автором фундаментальних праць з історії міста та Острозької слов’яно-греко-латинської академії. Микола Ковальський був також автором понад 500 друкованих праць та засновником Дніпропетровської наукової школи українського джерелознавства.
Іменем професора названо вулицю в місті Острозі, кафедру історії в Національному університеті «Острозька академія», а також до дня народження великого науковця планується вручати грант імені професора Ковальського найкращим історикам.